「闇の剣客道」、その“一番”のハチマキを持つ者は世界を制する。唯一の掟、それは“二番”だけが“一番”と闘うことを許されていることのみ。幼い頃、目の前で父を惨殺された少年は、その仇であるジャスティスという名のガンマンに復讐を誓う。歳月を経て、大人になった少年は「二番」のハチマキを巻くアフロサムライとなっていた。軽口を叩く道連れの男、ニンジャニンジャと小さな町に差し掛かると、雑魚たちが襲いかかる。そこでアフロは情報を得る、仇敵は須弥山にありと……謎の宗教集団「無無坊主（ノンノンボウズ）」に観察されているとも知らずに。その後、アフロは毒矢に傷つき、谷底へと落ちてゆく。

瀕死の重傷を負ったアフロは、夢と現の間で子供時代の夢を見る。剣術の師匠に拾われ、道場で他の孤児たちと暮らし、兄貴分の仁之助や幼い少女・おつるの２人と絆を育んだ穏やかな日々。意識を取り戻したアフロは、お菊という女性の献身により傷を癒す。やがて惹かれ合う二人。お菊は「無無坊主」が差し向けたくの一だったが、なぜかアフロを殺すことができない。その裏切りを察した「無無坊主」は、お菊＝美しく成長したおつるを殺害し、アフロの剣術データのメモリーチップを奪う。

再び須弥山を目ざすアフロたちに、無無坊主が送り込んだ新たな刺客。それはアフロと瓜二つのクローンロボット・アフロドロイド！　あらゆる面で自分を上回る難敵に苦戦するアフロだったが、師匠の「無念無想」の言葉が脳裏をよぎり、これを打倒。無無坊主の本陣を壊滅に追い込み、山の頂上にたどり着く。

そこでアフロの前に立ちはだかったのは、ぬいぐるみのクマの頭をかぶったサムライ・クマだった。壮絶な激闘の中、アフロはクマの太刀筋に覚えがあると気づく。そう、復讐と引き替えに失った大切な絆を。クマの頭が脱ぎ捨てられると、現れたのはかつての兄弟子・仁之助の変わり果てた姿。彼もまた、“復讐”に取り憑かれた剣鬼だったのだ。どちらの執念が上回るのか、そしてアフロは父の仇にして「闇の剣客道」の頂点に君臨するジャスティスに打ち勝つことが出来るのか!?