西暦2001年。
長い不景気が続き、凶悪犯罪の増加、環境破壊、道徳観の崩壊、国際情勢も安定せず、明るい未来なんて期待できない毎日。
インベーダーが行動を再会するにはうってつけの時代。
人類は今まさにインベーダーに支配されようとしていた。
そんな中、民間人で結成された地下反抗組織イージス・ネットワークに所属し、 インベーダーを倒すことで報奨金を得ているインベーダー・ハンター達がいた。
彼らは疑似ゲート能力を使いこなし、インベーダーを狩っている。
その一人、五十鈴綾音は偶然にもある力をつかう真鶴美羽を目撃してしまう。
本物のゲート能力者を見つけた綾音はそれをイージス・ネットワークに報告する。
ある日、「自分の力が何か知りたくない？」と綾音に誘われた美羽は、彼女についてゆく。
そこへ突然、人の姿をした大量のインベーダーが現れる！
2000年4月から2000年9月にWOWOWで放送された『ゲートキーパーズ』。
その新シリーズとして始まった本作品は、21世紀の現代を舞台に繰り広げられるSFアニメーションです。
新しい設定、キャラクターをメインにおきながらも、かつてのキャラクター達がゲストキャラとして登場するなど、前作と共に楽しめる要素も十分に盛り込んでいます。