世界経済を支配する秘密結社「クロノス」の荒事専門部隊“時の番人”（クロノ・ナンバーズ）」XIII番目のイレイザー、トレイン＝ハートネット。
特殊金属オリハルコン製の装飾銃ハーディスを持ち、裏の世界では「ブラックキャット」と呼ばれ恐れられていた。
しかしサヤという掃除屋の少女との出会いをきっかけに、｢自由な生き方｣と新たな目的を達成するため、クロノスを抜ける。
元国際捜査官のスヴェン、ナノテクによるトランス能力をもつイヴ、女盗賊リンス達と行動を共にするうちに、更に彼の心に変化が訪れる。
一方で、トレインを親友と信じ執拗に追いかける元クロノスのクリード。
二人を中心に、「クロノス」、「星の使徒」、「掃除屋」の思惑がぶつかり合い、壮絶なバトルが展開する。
仲間、信頼、愛情、を感じた末に、トレインの想う自由の行く手はいかに!?
集英社「週刊少年ジャンプ」にて約４年間の長期連載をした人気タイトルの待望のアニメ化。
主人公トレインの感情線を中心に、原作で描かれていないオリジナルのストーリーも付加され、トレインの自由への想いと、その成長劇をメインコンセプトに展開します。
また、新規のキャラクターも登場。原作者矢吹健太朗氏にアニメ用に新規キャラクター原案をいただき、ストーリーに欠かせない存在感を演出します。