ついに真の姿を明らかにするドルアーガの塔。そして対峙するジルとニーバ、カーヤとサキュバス。戦いの果てに見えるものは……。

王座の間でニーバとギルガメスの影が激しい戦いを繰り広げる。だが遅れて王座の間に入ったジルが見たのは、ニーバがギルガメスの影の刀に倒れる姿だった。ギルガメスの影に戦いを挑むジル。ギルとジルの決戦が始まった。

カイを捕らえて一気に最上階を目指すサキュバスとニーバ。ジルたち一行も最上階へと向かう。最上階で待つのは、力を強めていくギルガメス王の影。ニーバとジルたちは、それぞれ影の居城へと攻め込んでいく。

仲間のもとにもどった時、ジルが目撃したのは何者かの攻撃に倒れたファティナたちだった。一方竜の墓場では、ジル・パーティーとグレミカ・パーティー、そしてウラーゴンと四騎士の一人マイトが接触。自分たちの置かれた状況を把握し、登頂の目的を確認するジルたち。その時、幻の塔にも新たな異変が始まる。またメスキア市ではエタナがついに蜂起する。そしてカーヤは、幻の塔最上階で、影のギルガメスと対峙する。

干上がった湖のフロアを進むジルたち。次に、ジルたちが到着したのは、巨大な竜の白骨が散乱する竜の墓場だった。傷ついたカーヤを抱え、竜の墓場で一時の休息をとっていたニーバ。追撃してきたスペキュラを引きつける囮となったジルは、ついにニーバと再会する。そこに迫り来るスペキュラ。さらにニーバの師匠であるグレミカも現れ、ニーバの前に立ちふさがる。異母兄弟であるジルとの因縁、自分を導いてくれたグレミカとの決別。ニーバを縛り付ける過去の記憶と、それ故にニーバが求める未来とは……。

次のフロアにたどり着き、奇しくもメルトとクーパとも合流を果たしたジルたち。目の前に現れた洋館で彼らを待ち受けていたのは、死んだはずのアーメイ。やがてカリーも姿を見せる。うれしくはあるが、戸惑いを隠せないジル。死者と出会えたうれしさで、先に進む意欲を失っていく仲間たち。そこにスペキュラとブラッド、アイスが攻撃を仕掛けてくる…。
　

熱帯雨林のフロアで、グレミカ配下の暗殺者に狙われるジル。そこに新たな２人の刺客が現れる。一方、湖のフロアを行くニーバとカーヤ。「神は慈愛です」というカーヤに、ニーバは「神は気まぐれだ」と答え、いらだちを隠さない。そんな二人をやはり２人の刺客が襲う。刺客の正体は、かつてドルアーガに仕えた四騎士の魂を持つ４人の人工戦士。ニーバは、彼等が以前パズズの運んでいた棺の中身であると察知する。ジルを襲っているのはマイト、スペキュラ。ジルは、ようやく合流したファティナやウトゥ、ヘナロとともに苦戦を強いられる。ニーバを襲うのはブラッドとアイス。ニーバがピンチに陥った時、カーヤが強力な魔法を使うが……。
　

"幻の塔の頂点にいるのはギルガメス王の影。その存在が現実のギルガメス王にも悪影響を及ぼしているという。ギルガメス王の影を倒すために、幻の塔の最上階を目指すニーバとカーヤ。二人を追うジルたちは、黄色い空のフロアへと足を踏み入れる。そこは影のモンスターが次から次へと襲いかかってくる恐ろしいフロアだった。絶体絶命の危機に陥るジルたち。前進も後退もならないピンチをどう乗り越えるのか……。"
　

カイとともに天空の宮に到着したジルたち。ジルたちを追う黄金騎士団とメルト、クーパも時をおかず天空の宮に入る。そこに待ち受けていたのはまたも邪神ドルアーガだった。再びドルアーガと戦うジルたち。その戦いの最中、ジルは大人の姿となったカイから、謎のすべてを知らされる。カーヤがなにを望んでいたのか。どうして自分は裏切られたのか。そしてカイとカーヤの関係とは……。物語の舞台はいよいよ「幻の塔」へと移る。
　

金剛の宮まで訪れたジルたちを待っていたのは、スキーリゾートの経営者として成功したメルトだった。しかもリッチになったメルトは、軍とのつきあいを優先して、ジルたちとカイをウラーゴンに引き渡してしまう。牢屋に閉じこめられたジルたち。一方、リゾートのバックヤードでは、メルトにこき使われていたローパーたちの大脱走計画が静かに進行していた。そして雪崩とともにローパーの大群が暴走を開始する……。
　

謎の少女は自分をカイと名乗る。カイとは、イシターの巫女にして、既に死んだはずのギルガメス王の王妃と同じ名前。ジルは「幻の塔」に入れるというカイの言葉を信じ、再び登頂の準備を始める。そんなジルに反発するファティナ。そこにカイをつけねらう黄金騎士団団長ウラーゴンが現れる。メスキア市民を巻き込むことを躊躇せず、カタパルト（投石機）まで使ってカイを捕らえようとするウラーゴン。ジルたちはその包囲網を突破することができるのか……。
　

ドルアーガ討伐から半年——。討伐の手柄は、ギルガメス王のものとなり、真実を知るかつての登頂者たちはそれぞれ日々を過ごしていた。ジルは、ニーバとカーヤが「幻の塔」に消えたショックから立ち直れないでいる。宿屋に居候し、引き込もりの日々を過ごすジル。そんなジルを、観光ガイドをやりながらも、時にやさしく時に厳しく見守っているファティナ。そんなある日、二人は軍隊に追われる少女カイと出会う。